Los restos mas antiguos encontrados en el municipio santaeufemiano datan del Neolítico. Todos los hallazgos efectuados en Santa Eufemia conceden fundamento que aseguran la presencia del hombre en este municipio por el año 2000 o incluso 3000 a.C.
Santa Eufemia tiene sus raíces en el pueblo celta, de origen indoeuropeo, que llegó a la península ibérica a través de los Pirineos. En las tierras en las que está emplazada la actual población hubo un asentamiento romano de importancia por el que pasaban varias calzadas.
La ciudad actual fue fundada por los árabes. En 1155 fue conquistada por Alfonso VIII, aunque volvió a caer en manos musulmanes a la muerte de éste. En 1243 pasó a depender de Córdoba para sesenta años más tarde ser entregada a Hernando Díaz Carrillo, primer marqués de La Guardia. A principios del siglo XVI Fernando el Católico mandó demoler su fortaleza en castigo a los desmanes de éste marqués.
Es bajo el dominio romano cuando alcanza un importante desarrollo, como atestiguan sus abundantes restos arqueológicos. De ellos cabe resaltar la Sepulcral aparecida en las proximidades de la Ermita de la Santa.
El municipio de Santa Eufemia se encuentra a 101 km de la cordoba capital, la extensión es de 189 km2 y 561 m de altitud.