El origen de esta villa es remoto y se desconoce el momento de su fundación, aunque hay quien aventura que la erigió Túbal, nieto de Noé. La distancia a la capital es de 98 km, y cuenta con una extensión de 582 km2 y 5743 habitantes.
Durante la dominación romana la ciudad fue denominada Font Mellaria o fuente de miel, debido a la calidad de la miel de sus colmenas. En su etapa romana gozó de gran esplendor. De hecho, hay quien afirma que fue la cuna del gran Séneca, creyéndose que nació en una calleja escalonada llamada Cuesta del Teatro.Después, el brillo de Fuente Obejuna se apagó, no volviendo a lucir hasta la época árabe, en que fue fortificada y dotada de castillo.
La ciudad desapareció con el fin de la dominación romana. Su actual fundación data del siglo XIV. En 1460 pasó a depender de Pedro Girón, maestre de Calatrava, quien más tarde la cambiaría por Osuna y Cazalla. La ciudad no recibió bien al comendador Fernando Gómez de Guzmán, enviado por la orden de Calatrava, por lo que el 23 de abril de 1476 el pueblo se rebeló dándole muerte a él y a algunos de sus criados. Enterados del hecho, los Reyes Católicos enviaron un juez que pusiera en claro los hechos y castigara a los culpables, pero fue en vano. El asesinato quedó sin castigo al responder los vecinos que el asesino había sido Fuente Obejuna. De ahí el dicho, acuñado por tal motivo, de ‘Fuente Obejuna, todos a una’.
El pueblo destituyó a las autoridades locales puestas por la orden de Calatrava y acudió a la ciudad de Córdoba para ser admitido en su jurisdicción, pero la Orden reclamó ante los Reyes Católicos y la Santa Sede, siéndole restituida la posesión de la villa. En 1513 la ciudad pasó a depender de Córdoba.
