En Puente Genil hay restos arqueológicos dicumentados en los «sitios» de Fuente Alcaide, Peñuela, Quebradas, Rabanal, Torrecillas, Las Mestas y Yeguas correspondientes al Paleolítico Medio. Algunos autores creen que la ciudad de Astapa, tantas veces confundida con Ostippo (Estepa), se encontraba en nuestro término municipal, sus habitantes prefirieron el suicidio colectivo a la Pax Romana.
La Villa de Fuente Álamo, a unos kilómetros de Puente Genil, en dirección a Aguilar, es el mejor exponente de época romana. Sus magníficos mosaicos se exhiben en el Museo de Historia Local, situado en el antiguo convento de la Victoria, junto con otros materiales y objetos encontrados en yacimientos arqueológicos del término municipal, como los de Los Castellares, de época hispano-visigoda, o Castillo Anzur, atalaya árabe del siglo X, que domina la ciudad y sus contornos, y junto a la cual tuvo lugar la batalla de Arnizol en 1126.
La primera fundación de la villa, está relacionada con la conquista de Córdoba por las tropas del Rey Fernando III, el Santo. Surgió junto al puente, construido por Don Gonzalo Yañez Dovinal para defender el paso sobre el río Genil hacia finales del siglo XIII, denominándose La Puente o El Pontón de don Gonzalo hasta 1834, año en el que por decreto de la Reina Regente María Cristina, y tras varios intentos fallidos, se unieron las dos orillas del Genil. Miragenil, en la margen izquierda del rio, se creo en el siglo XVI y hasta entonces, pertenecía al Marquesado de Estepa y, por tanto, a Sevilla. El simbolismo del puente de piedra, en cuanto a vínculo de unión entre ambas orillas, es patente, quedando reflejado en el escudo de la localidad bajo la leyenda QUOD NATURA SEPONIT, SOCIALITAS COPULAT
En sus orígenes, la villa se llamó Pontón de don Gonzalo. Este nombre tiene relación con el pontón de madera sobre el Genil, mandado construir por Fernando III para proseguir sus avances militares, que prestó servicio hasta la construcción de un nuevo puente de piedra, encargado por Hernán Ruíz. Hacia 1568 surgió al otro lado del puente un nuevo barrio llamado Miragenil, que se unió definitivamente con Puente de don Gonzalo en 1834, adoptando la villa su actual nombre.
El municipio de Puente Genil es de 27720 habitantes y se encuentra a una distancia de 68 km de cordoba capital y cuenta con una extensión de 170 km2 y una altitud de 216m sobre el nivel del mar.